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Question-réponse
Arrêt maladie d'un agent public pendant ses congés : quelles sont les règles ?
Vérifié le 03/07/2025 - Service Public / Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre)
Un agent public qui tombe malade pendant une période de congé annuel est placé en congé de maladie. En cas d’arrêt de travail prolongé, les congés annuels non pris en raison du congé pour raison de santé peuvent être reportés. Nous vous présentons les conditions de ce report.
Si vous êtes malade pendant vos congés annuels, vous êtes placé en congé de maladie sur présentation d’un arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.
Le congé de maladie annule le congé annuel.
Les jours de congé annuel <span class="expression">annulés</span> peuvent être pris à une date ultérieure.
Les congés annuels doivent être pris <span class="miseenevidence">entre le 1<Exposant>er</Exposant> janvier et le 31 décembre</span>. Toutefois, si vous ne pouvez pas prendre tout ou partie de vos congé annuels au cours de l’<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=R52114">année civile</a> en raison de congés pour raison de santé prolongés, vous avez droit au report automatique de vos congés annuels restant dus sur une période de 15 mois.
Les absences pour raison de santé ouvrant droit au report sont les suivantes :
- Congés de <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F490">maladie</a>, de <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18089">longue maladie (CLM)</a> ou de <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18098">longue durée (CLD)</a>, <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F33252">congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis)</a>, <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F1690">disponibilité d’office pour raison de santé</a> si vous êtes fonctionnaire
- Congés de <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F491">maladie</a> ou <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F547">de grave maladie</a>, <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F37556">congé pour accident du travail ou maladie professionnelle</a>, congé de maladie non rémunéré si vous êtes contractuel.
Les congés annuels qui peuvent être reportés sont les <span class="miseenevidence">congés acquis avant</span> la mise en congé pour raison de santé et les <span class="miseenevidence">congés acquis pendant</span> le congé pour raison de santé.
La durée des congés annuels qui peuvent être reportés est de 4 semaines maximum.
Pour les <span class="miseenevidence">congés annuels acquis avant</span> la mise en congé pour raison de santé, la période de 15 mois débute à partir de la date de reprise des fonctions.
Pour les <span class="miseenevidence">congés annuels acquis pendant</span> le congé pour raison de santé, la période de 15 mois débute, au plus tard, à la fin de l'année pour laquelle le congé annuel est dû.
La période de 15 mois peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de votre chef de service.
La <span class="miseenevidence">période de report de 15 mois</span> est <span class="miseenevidence">suspendue</span> tant que vous n’avez pas reçu de votre administration employeur une information sur le nombre de jours de congés annuels reportés et la date jusqu’à laquelle vous pouvez les prendre.
L’administration vous fournit cette information <span class="miseenevidence">dans le mois</span> qui suit votre reprise de fonctions.
Si vous ne prenez pas les congés reportés dans la période impartie, ils sont perdus et ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice, sauf en cas de départ définitif de la fonction publique.
<span class="miseenevidence">Si vous êtes absent sur plusieurs années consécutives</span>, les congés non pris à la fin de chaque période de report de 15 mois sont perdus.
Lorsque vous quittez la fonction publique, quel qu’en soit le motif (retraite, démission, fin de contrat,...) et n'avez pas pu prendre tous vos congés annuels avant votre départ <span class="miseenevidence">en raison des nécessités de service</span>, ces congés donnent lieu à une <span class="miseenevidence">indemnité compensatrice</span>.
La durée des congés annuels non pris qui donnent lieu à indemnité est de 4 semaines maximum.
La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l'indemnité compensatrice de congé annuel est égal à la dernière rémunération versée lors de votre dernier mois complet d'exercice effectif de vos fonctions.
Cette rémunération tient compte éventuellement des évolutions de votre situation statutaire ou indemnitaire qui sont intervenues entre la dernière date d'exercice effectif de vos fonctions et la date de fin de relation de travail.
Elle comprend le traitement indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement (SFT) et les primes et indemnités.
Toutefois, les éléments de rémunération suivants ne sont pas pris en compte :
- Versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servir
- Remboursement de frais
- Participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire
- Versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, et toutes autres indemnités de même nature
- Indemnités versées en contrepartie d'une activité accessoire et autres indemnités non directement liées à l'emploi
- Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique
- Heures supplémentaires (toutefois si vous êtes agent de l’Etat ou territorial, les indemnités pour heures supplémentaires annualisées sont incluses dans le montant de votre rémunération brute)
- Majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travail si vous êtes agent de l’Etat ou hospitalier
- Indemnité de résidence à l'étranger lorsque son versement est interrompu avant la fin de la relation de travail si vous êtes agent de l’Etat
<span class="miseenevidence">L’indemnisation d’un jour de congé annuel non pris</span> est calculée de la manière suivante : (Rémunération mensuelle brute x 12) / 250
Le nombre 250 est le nombre moyen de jours ouvrés dans une année.
L'indemnité compensatrice de congés annuels est soumise aux mêmes cotisations que votre rémunération.
