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Fiche pratique

Congé de maladie du fonctionnaire

Vérifié le 01/09/2026 - Service Public / Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre)

Vous êtes fonctionnaire et vous êtes malade ou avez été victime d'un accident non professionnel, ce qui vous met dans l'incapacité de travailler ? Vous pouvez être placé en congé de maladie par votre administration employeur sur présentation d'un arrêt de travail. Nous vous présentons les règles applicables au congé de maladie, selon votre fonction publique d'appartenance (État - FPE, territoriale - FPT, hospitalière - FPH).

Si vous êtes en <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F12413">activité ou en détachement</a>, vous pouvez être placé en congé de maladie (appelé auparavant congé de malade ordinaire - CMO) lorsque la maladie ou un accident survenu hors temps de travail vous met dans l'impossibilité d'exercer vos fonctions.

Vous devez pour cela adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail.

Arrêt de travail

Pour être placé en congé de maladie, vous devez adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail dans les 48 heures qui suivent son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.

Cet avis d’arrêt de travail précise les éléments d'ordre médical et les motifs justifiant l'arrêt de travail et sa durée.

La durée de l’arrêt de travail ne peut pas être supérieure à 31 jours pour une 1<Exposant>re</Exposant> prescription, sauf si le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme justifie de la nécessité d'une durée plus longue au vu de votre situation et compte-tenu des éventuelles recommandations de la Haute Autorité de santé.

L’avis d'arrêt de travail peut être dématérialisé.

Si l’avis d'arrêt de travail n’est pas dématérialisé, vous devez transmettre à votre administration employeur les volets n°2 et 3 de l'avis d'arrêt de travail. Vous conservez le volet n°1. Ce volet doit être présenté au médecin agréé de l'administration, en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical.

En cas de renouvellement de votre arrêt de travail, vous devez transmettre à votre administration votre prolongation dans le même délai de 48 heures suivant l'établissement de l'arrêt de travail.

Comme l’arrêt initial, l’avis de prolongation précise la durée de l’arrêt. La durée de l’arrêt de travail ne peut pas être supérieure à 62 jours.

Non-respect du délai de 48 heures

En cas de non-respect du délai de 48 heures, votre administration vous informe par courrier du retard constaté.

Elle vous informe également que vous vous exposez à une réduction de votre rémunération en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant ce 1<Exposant>er</Exposant> envoi tardif. En cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail, la rémunération due entre la date d’établissement du nouvel arrêt de travail et la date de sa transmission est réduite de moitié.

Le délai d'envoi de 48 heures peut être dépassé en cas d'hospitalisation.

Et si vous êtes dans l'impossibilité de respecter le délai de 48 heures, hors hospitalisation, vous disposez de 8 jours suivant l'établissement de l'arrêt de travail pour justifier de cette impossibilité.

Éléments de rémunération concernés par la réduction de moitié

En cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail, la réduction de moitié de votre rémunération concerne votre <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F461">traitement indiciaire</a> brut et vos primes et indemnités.

En revanche, les éléments de rémunération suivants continuent de vous être versés en totalité :

<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F32511">Indemnité de résidence</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F32513">Supplément familial de traitement (SFT)</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F12163">Prise en charge partielle du prix du titre de transport en commun</a> que vous utilisez pour vos déplacements entre votre domicile et votre lieu de travail
Avantages en nature
Remboursement de frais
Primes et indemnités liées au changement de résidence, à la primo-affectation, à la mobilité géographique et aux restructurations
Primes et indemnités liées à l'organisation du travail
Indemnités d'enseignement ou de jury et autres indemnités non directement liées à l'emploi
Part ou intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir
Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique.

La durée du congé de maladie peut être d'un an maximum pendant une période de 12 mois consécutifs.

Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d'arrêt de travail, en fonction des jours d'arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 365 (ou 366) jours précédents.

Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F13861">jour de carence</a> non rémunéré.

La rémunération se calcule sur la base de 360 trentièmes (30 trentièmes par mois quel soit le nombre réel de jours dans le mois).

Lorsque vous êtes en congé de maladie, vous pouvez bénéficier de 90 trentièmes à 90 % et de 270 trentièmes à 50 %.

Lorsque vous dépassez 90 jours à plein traitement dans la période de référence de 365 jours, vous basculez en demi-traitement pour le reste des jours de maladie, dans la limite de 270 jours.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Éléments de rémunération	Conditions de versement pendant 3 mois	Conditions de versement pendant 9 mois
Indemnité de résidence (IR)	<span class="valeur">100 %</span>	<span class="valeur">100 %</span>
Supplément familial de traitement (SFT)	<span class="valeur">100 %</span>	<span class="valeur">100 %</span>
Nouvelle bonification indiciaire (NBI)	<span class="valeur">90 %</span>	<span class="valeur">50 %</span>
Primes et indemnités	<span class="valeur">90 %</span>	<span class="valeur">50 %</span>

En cas de prolongation de votre arrêt de travail initial, votre rémunération n'est maintenue que si la prolongation est prescrite par le médecin prescripteur de l’arrêt initial, par votre médecin traitant, par la sage-femme ou par le chirurgien-dentiste, sauf en cas d’impossibilité justifiée de votre part.

La prolongation ne peut être réalisée par un acte de télémédecine que si les conditions suivantes sont remplies :

Il s’agit du 1<Exposant>er</Exposant> renouvellement de votre arrêt de travail initial
La durée de la prolongation ne dépasse pas 3 jours et n’a pas pour effet de porter à plus de 3 jours la durée de votre arrêt de travail déjà en cours.

Ces conditions ne s’appliquent pas lorsque l'arrêt de travail est renouvelé par votre médecin traitant ou votre sage-femme référente ou, en cas d'impossibilité justifiée, de consulter un professionnel médical compétent pour obtenir, en sa présence, une prolongation de votre arrêt de travail.

Le temps passé en congé de maladie est sans effet sur vos droits à <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F568">avancement</a> (d'échelon et de grade).

Le temps passé en congé de maladie ne réduit pas vos droits aux autres congés, notamment aux congés suivants :

<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F488">Congés annuels</a>
Congé de <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F519">maternité</a> ou d'<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F537">adoption</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F13765">Congé de 3 jours pour naissance ou adoption</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F583">Congé de paternité et d'accueil de l'enfant</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F39693">Congé supplémentaire de naissance</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F3026">Congé de formation professionnelle</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F17949">Congé de solidarité familiale</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F35001">Congé de proche aidant</a>
Congé pour <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F2401">validation des acquis de l'expérience</a>
Congé pour bilan de compétences.

Les périodes pendant lesquelles vous êtes en congé de maladie ne vous donnent pas droit à des <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F34996">RTT</a>.

Si vous êtes fonctionnaire stagiaire, les congés de maladie, au-delà d'une certaine durée, prolongent la <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F1895">durée de votre stage</a>.

Vous pouvez demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences en vue de favoriser votre réadaptation ou votre reconversion professionnelle. Votre demande est soumise à l'avis favorable du <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18085">conseil médical</a>. Votre administration employeur se prononce sur votre demande dans un délai de 30 jours.

Les périodes de congé de maladie sont prises en compte pour la retraite.

Pour le départ en retraite anticipée pour carrière longue, les congés de maladie, quels qu’ils soient (maladie ordinaire, <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18089">longue maladie (CLM)</a>, <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18098">longue durée (CLD)</a>, <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F33252">citis</a>) sont pris en compte dans la limite de 4 trimestres.

Pendant votre congé de maladie, vous devez cesser tout travail rémunéré (sauf les activités ordonnées et contrôlées médicalement en vue de votre réadaptation à l'emploi).

En cas de non-respect de cette obligation, votre rémunération n'est plus versée jusqu'à ce que vous respectiez l'obligation concernée.

Votre administration employeur peut vous soumettre à tout moment à une visite de contrôle par un médecin agréé.

Vous êtes obligatoirement soumis à un examen de contrôle, par un médecin agréé, au moins 1 fois après 6 mois consécutifs de congé de maladie.

Un médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste figurant sur une liste établie, dans chaque département, par le préfet, sur proposition de l’Agence régionale de santé, après avis du Conseil départemental de l’ordre des médecins. Un médecin agréé a notamment pour rôle d'effectuer les contre-visites et les expertises.

En cas de refus de votre part de vous soumettre à ces examens, votre rémunération n'est plus versée.

Si vous ou votre administration employeur contestez l'avis du médecin agréé, vous pouvez saisir le <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18085">conseil médical</a>.

Votre administration peut également faire procéder au contrôle administratif de votre arrêt de travail par toute personne habilitée pour cela.

Ce contrôle porte sur votre présence à votre domicile, ou à votre lieu de repos s'il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire indiquées par votre médecin sur l’arrêt de travail.

En cas d’absence injustifiée ou de refus de vous soumettre à ce contrôle administratif, le versement de votre rémunération est interrompu jusqu'à la date de fin de votre arrêt de travail.

Les périodes pendant lesquelles le versement de la rémunération est interrompu compte dans la période de congé en cours.

Aptitude à la reprise des fonctions antérieures

Vous reprenez vos fonctions. Votre poste de travail peut éventuellement être adapté à votre état de santé si nécessaire.

Si vous avez été placé en congé de maladie pendant 12 mois consécutifs, vous ne pouvez reprendre votre travail qu'après avis favorable du conseil médical.

Pendant toute la durée de la procédure devant le conseil médical, vous êtes provisoirement placé en disponibilité d'office pour raison de santé.

Pendant cette période de disponibilité d'office, vous percevez une indemnité égale au montant du traitement indiciaire et, éventuellement, des primes et indemnités que vous perceviez à la fin de votre congé de maladie.

Cette indemnité vous est versée jusqu'à la date de la décision de reprise de service.

Lorsque l'instruction de votre dossier par le conseil médical nécessite l'expertise d'un médecin agréé, vous devez vous soumettre à cet examen médial. En cas de refus de votre part, l'indemnité cesse de vous être versée.

En cas de refus de rejoindre le ou les postes de travail qui vous sont proposés sans motif valable lié à votre état de santé, vous pouvez être <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F514">licencié</a> après avis de la commission administrative paritaire.

Mise en congé de longue maladie (CLM)

Si vous êtes atteint d’une pathologie pouvant donner lieu à un <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F18089">congé de longue maladie (CLM)</a>, vous pouvez demander à être placé en CLM en cours ou à la fin de vos droits à congé de maladie.

Inaptitude à la reprise des fonctions antérieures

Si vous ne pouvez pas reprendre vos fonctions antérieures à la fin de votre congé de maladie, votre situation est soumise à la consultation du conseil médical. Elle varie selon que vous êtes fonctionnaire titulaire ou stagiaire :

Si vous ne pouvez pas reprendre votre service à la fin de votre congé de maladie, vous pouvez :
- Soit être reclassé sur un emploi compatible avec votre état de santé
- Soit être admis à bénéficier d'une <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F549">période de préparation au reclassement</a> : la période préparation au reclassement a pour objet de vous préparer et, si nécessaire, de vous qualifier pour l'exercice de nouvelles fonctions compatibles avec votre état de santé
- Soit être placé en <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F1690">disponibilité d'office</a> si le conseil médical juge que votre état de santé peut évoluer favorablement
- Soit être admis à la <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F550">retraite pour invalidité</a> quels que soient votre âge et votre nombre de trimestres d'assurance retraite, si vous êtes reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi.
Pendant toute la durée de la procédure devant le conseil médical, vous êtes provisoirement placé en disponibilité d'office pour raison de santé.
Pendant cette période de disponibilité d'office provisoire, vous percevez une indemnité égale au montant du traitement indiciaire et, éventuellement, des primes et indemnités que vous perceviez à la fin de la dernière période de congé de longue maladie.
Cette indemnité vous est versée jusqu'à la date de la décision de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.
Lorsque l'instruction de votre dossier par le conseil médical nécessite l'expertise d'un médecin agréé, vous devez vous soumettre à cet examen médical. En cas de refus de votre part, l'indemnité cesse de vous être versée.
Si le conseil médical propose votre placement en disponibilité pour raison de santé, l'indemnité qui vous a été versée pendant la période d'instruction de votre dossier vous reste acquise.
En cas de reclassement sur un emploi compatible avec votre état de santé, si vous refusez le ou les postes proposés sans motif valable lié à votre état de santé, vous pouvez être <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F514">licencié</a> après avis de la commission administrative paritaire.
Si vous ne pouvez pas reprendre votre service à la fin de votre CLM, vous pouvez :
- Soit être placé en congé non rémunéré pendant une période maximale d'un an renouvelable 2 fois si le conseil médical juge que votre état de santé peut évoluer favorablement. Le renouvellement est prononcé sur avis du conseil médical
- Soit être <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F514">licencié</a> si vous êtes reconnu dans l'impossibilité définitive et absolue de reprendre ses fonctions.
Si vous étiez détaché pour stage et êtes titulaire dans un autre corps ou cadre d’emplois, il est mis fin à votre détachement pour stage et vous êtes remis à disposition de votre administration d'origine.
Dans votre administration d'origine, votre situation est examinée selon les règles applicables au fonctionnaire titulaire.

Vous devez pour cela adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail.

Arrêt de travail

Cet avis d’arrêt de travail précise les éléments d'ordre médical et les motifs justifiant l'arrêt de travail et sa durée.

L’avis d'arrêt de travail peut être dématérialisé.

Comme l’arrêt initial, l’avis de prolongation précise la durée de l’arrêt. La durée de l’arrêt de travail ne peut pas être supérieure à 62 jours.

Non-respect du délai de 48 heures

En cas de non-respect du délai de 48 heures, votre administration vous informe par courrier du retard constaté.

Le délai d'envoi de 48 heures peut être dépassé en cas d'hospitalisation.

Éléments de rémunération concernés par la réduction de moitié

En revanche, les éléments de rémunération suivants continuent de vous être versés en totalité :

<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F32511">Indemnité de résidence</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F32513">Supplément familial de traitement (SFT)</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F12163">Prise en charge partielle du prix du titre de transport en commun</a> que vous utilisez pour vos déplacements entre votre domicile et votre lieu de travail
Avantages en nature
Remboursement de frais
Primes et indemnités liées au changement de résidence, à la primo-affectation, à la mobilité géographique et aux restructurations
Primes et indemnités liées à l'organisation du travail
Indemnités d'enseignement ou de jury et autres indemnités non directement liées à l'emploi
Part ou intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir
Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique.

La durée du congé de maladie peut être d'un an maximum pendant une période de 12 mois consécutifs.

Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F13861">jour de carence</a> non rémunéré.

La rémunération se calcule sur la base de 360 trentièmes (30 trentièmes par mois quel soit le nombre réel de jours dans le mois).

Lorsque vous êtes en congé de maladie, vous pouvez bénéficier de 90 trentièmes à 90 % et de 270 trentièmes à 50 %.

Lorsque vous dépassez 90 jours à plein traitement dans la période de référence de 365 jours, vous basculez en demi-traitement pour le reste des jours de maladie, dans la limite de 270 jours.

Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas lors du 2<Exposant>e</Exposant> arrêt de travail si vous n'avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi :

Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial.

Le délai de 48 heures, décompté en <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=R1092">jours calendaires</a>, commence à courir à partir du 1<Exposant>er</Exposant> jour qui suit le dernier jour de votre arrêt de travail initial.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Éléments de rémunération	Conditions de versement pendant 3 mois	Conditions de versement pendant 9 mois
Indemnité de résidence (IR)	<span class="valeur">100 %</span>	<span class="valeur">100 %</span>
Supplément familial de traitement (SFT)	<span class="valeur">100 %</span>	<span class="valeur">100 %</span>
Nouvelle bonification indiciaire (NBI)	<span class="valeur">90 %</span>	<span class="valeur">50 %</span>
Primes et indemnités	Les conditions de suspension ou de maintien des primes et indemnités sont fixées par délibération de votre collectivité employeur

La prolongation ne peut être réalisée par un acte de télémédecine que si les conditions suivantes sont remplies :

Il s’agit du 1<Exposant>er</Exposant> renouvellement de votre arrêt de travail initial
La durée de la prolongation ne dépasse pas 3 jours et n’a pas pour effet de porter à plus de 3 jours la durée de votre arrêt de travail déjà en cours.

Le temps passé en congé de maladie ne réduit pas vos droits aux autres congés, notamment aux congés suivants :

<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F488">Congés annuels</a>
Congé de <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F519">maternité</a> ou d'<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F537">adoption</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F13765">Congé de 3 jours pour naissance ou adoption</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F583">Congé de paternité et d'accueil de l'enfant</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F39693">Congé supplémentaire de naissance</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F3026">Congé de formation professionnelle</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F17949">Congé de solidarité familiale</a>
<a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F35001">Congé de proche aidant</a>
Congé pour <a href="https://www.pignans.fr/mes-demarches-associations/?xml=F2401">validation des acquis de l'expérience</a>
Congé pour bilan de compétences.